Teodor Baconschi s-a nascut la data de 14 februarie 1963 in Bucuresti, fiind fiul poetului A.E. Baconsky. Dupa absolvirea examenului de bacalaureat in domeniul filologie-istorie in 1981, studiaza la Institutul Teologic Universitar din Bucuresti, unde obtine diploma de licenta in anul 1985.
Dupa absolvirea facultatii a lucrat, in perioada 1986-1989, ca redactor la Editura Institutului Biblic si de Misiune al BOR. In anul 1990 a devenit consilier la Ministerul Culturii. In acelasi an a obtinut o bursa de studii pentru doctorat din partea guvernului francez, studiind la Universite de Paris-Sorbonne intre anii 1990-1994, timp in care a obtinut diploma de studii aprofundate (DEA) in anul 1991 si apoi doctoratul in antropologie religioasa si istorie comparata a religiilor, cu calificativul "magna cum laude" in anul 1994 (avandu-l ca indrumator pe profesorul Michel Meslin).
Reintors in Romania, lucreaza pentru o perioada ca director al Editurii Anastasia (1995-1997). In paralel, preda ca lector asociat un curs de antropologie religioasa la Facultatea de Filosofie a Universitatii din Bucuresti, lucrand si ca redactor-sef la emisiunea "Viata spirituala" (TVR).
In anul 1996, a absolvit studii post-doctorale ca Fellow al Colegiului Noua Europa din Bucuresti.
Presedintele Emil Constantinescu il trimite in perioada 1997-2001 in functia de ambasador al Romaniei pe langa Sfantul Scaun. De asemenea, intre anii 1999-2001, Teodor Baconschi a fost acreditat in Republica San Marino si pe langa Ordinul Suveran al Cavalerilor de Malta.
A fost rechemat in tara in anul 2001, fiind numit in functia de director general in Ministerul Afacerilor Externe. In perioada noiembrie 2002-ianuarie 2005, detine functia de ambasador al Romaniei in Republica Portugheza. La 21 ianuarie 2005 este numit ca secretar de stat pentru Afaceri Globale in Ministerul Afacerilor Externe.
In data de 11 septembrie 2006, Teodor Baconschi a fost demis din functia de secretar de stat de catre premierul Calin Popescu Tariceanu ca urmare a politicii de restructurare la nivelul ministerelor.
La 26 octombrie 2006, Teodor Baconschi a fost numit in functia de consilier prezidential la Departamentul pentru Relatia cu Autoritatile Publice si Societatea Civila, preluand postul lasat liber de Claudiu Saftoiu, care fusese numit in functia de director al SIE.
In 2007, numele sau a fost implicat intr-un scandal, dupa ce presa din Romania a primit o serie de e-mail-uri trimise si primite de ambasadorul Romaniei in Mexic, Manuela Vulpe, o parte din corespondenta electronica fiind cu Baconschi si continand si referiri la o posibila relatie intima.
La 2 august 2007 este numit de catre presedintele Romaniei ambasador extraordinar si plenipotentiar in Franta. La data de 4 martie 2008, a fost numit si in calitatea de ambasador extraordinar si plenipotentiar al Romaniei in Principatul Andorra si Principatul Monaco.
Dupa alegerile prezidentiale castigate de Traian Basescu in decembrie 2009 a fost nominalizat si aprobat pentru functia de ministru de Externe.
Teodor Baconschi este casatorit si este tatal a doi copii, un baiat si o fata, Stefan si Irina Baconschi.